Kabaağaçlı, Ferik Mehmed Şakir Paşa ile Sare İsmet Hanım'ın çocukları olarak 7 Nisan 1890'da Girit'te dünyaya geldi. Çocukluğu, babasının görevli olduğu Atina ve Büyükada'da geçen yazar, yazı yazmaya Robert Kolejde okurken başladı.
Oxford Üniversitesinde "Yakınçağ Tarihi" eğitimi gören Kabaağaçlı, 1913'te İtalyan bir kadınla evlenerek bir müddet İtalya'da yaşadı.
Usta yazar 1914'te Türkiye'ye döndü ve babasının Afyon'daki çiftliğine yerleşti. Çıkan bir tartışmada, kendi silahından çıkan kurşunla babasının ölmesi üzerine cinayet iddiasıyla yargılanan Kabaağaçlı, 15 yıl kürek cezasına çarptırıldı.
Sürgün edildiği Bodrum'u çok sevdi ve Bodrum'la özdeşleşti
Cezasının 7 yılını tamamladıktan sonra verem olan Kabaağaçlı, serbest bırakıldı. Serbest kalınca İstanbul'a dönen yazar basın dünyasına girdi ve "Güleryüz", "Yeni İnci", "Resimli Gazete", "Resimli Hafta", "Zümrüd-i Anka", "Resimli Ay" adlı dergilerde yazılar yazdı, karikatürler çizdi, kapak resimleri ve desenler yaptı.
Resimli Hafta dergisinin 13 Nisan 1925 tarihli sayısında yayımlanan "Hapishanede idama mahkum olanlar, bile bile asılmaya nasıl gider?" başlıklı yazısı nedeniyle İstanbul İstiklal Mahkemesinde yargılanan yazar, "Memlekette isyan bulunduğu sırada, askeri isyana teşvik edici yazı yazmak"tan suçlu bulundu. Bodrum aşkıyla tanınan yazarın kente ilk gelişi, İstiklal Mahkemesi'nin üç yıl kalebentlik cezası vererek sürgün etmesiyle oldu.
Cevat Şakir Kabaağaçlı, cezasını tamamladığı 1928'de kendi arzusuyla tekrar Bodrum'a dönerek, 1947'ye kadar burada yaşadı. Bu dönemden sonra kentin antik dönemlerdeki Halikarnassos isminden dolayı "Halikarnas Balıkçısı" takma adıyla eserlerini yazdı. Usta yazar, yurt dışından tohum ve fidan getirerek Bodrum'un güzelleşmesi için büyük çaba harcadı.
İkinci evliliğini dayısının kızı Hamdiye Hanım'la yapan yazar, sürgün yıllarında Hamdiye Hanım'dan boşanarak, Giritli bir ailenin kızı olan Hatice Hanım ile evlendi. Yazarın üç evliliğinden 5 çocuğu dünyaya geldi.
Eserlerinin konusunu tabiat, deniz, balıkçılar, balıklar ve kuşlar oluşturdu"
Kabaağaçlı, 1928'e kadar daha çok karikatür, kapak resimleri ve desenler yaparken, bu tarihten sonra giderek ressamlıktan uzaklaştı ve kendisini tamamen yazarlığa verdi. Bodrum ve çevresindeki hayat, tabiat, deniz, denizciler, sünger avcıları, balıkçılar, balıklar, kuşlar roman ve hikayelerinin konusunu oluşturdu. Bodrum'a sürgün edildiği 1926'dan sonra yazdığı deniz hikayeleriyle tanınan Halikarnas Balıkçısı'na, Kültür ve Turizm Bakanlığınca 1971'de "Devlet Kültür Armağanı" verildi.
İkinci Dünya Savaşı'nın sıkıntılı ve zor yılları Halikarnas Balıkçısı'nı Bodrum'dan ayrılmak zorunda bıraktı. Kabaağaçlı, "Yatağan" isimli teknesini ve evini satarak, 1947'de İzmir'e yerleşti. Buraya yerleştikten sonra "Demokrat İzmir" gazetesinde gazeteciliğe ve yazı hayatına devam eden yazar, bir süre turist rehberliği de yaptı ve İzmir'den Bodrum'a kadar Ege kıyılarını "Mavi Yolculuk" adını verdiği rotayla gezdirdi.
Cevat Şakir Kabaağaçlı, kemik kanserinden dolayı 13 Ekim 1973'te İzmir'in Hatay semtinde, 83 yaşında hayata veda etti. Vasiyeti üzerine yazarın cenazesi Bodrum'a defnedildi.
Eserleri
Kabaağaçlı'nın kaleme aldığı eserler şunlar:
Hikaye: "Ege Kıyılarından", "Merhaba Akdeniz", "Ege'nin Dibi", "Yaşasın Deniz", "Gülen Ada", "Ege'den", "Gençlik Denizlerinde", "Parmak Damgası", "Dalgıçlar", "Çiçeklerin Düğünü", "Ege'den Denize Bırakılmış Bir Çiçek", "Mavi Zamanlar", "Gülen Ada"
Roman: "Aganta Burina Burinata", "Ötelerin Çocukları", "Uluç Reis", "Turgut Reis", "Deniz Gurbetçileri", "Bulamaç"
Anı: "Mavi Sürgün"
Deneme: "Anadolu Efsaneleri", "Anadolu Tanrıları", "Anadolu'nun Sesi", "Hey Koca Yurt", "Merhaba Anadolu", "Düşün Yazıları", "Altıncı Kıta Akdeniz", "Sonsuzluk Sessiz Büyür", "Arşipel"
Çocuk kitabı: "Yol Ver Deniz", "Denizin Çağrısı", "İmbat Serinliği", "Nasrettin Hoca", "Gündüzünü Kaybeden Kuş", "Deniz Gurbetçileri", "Define Adası", "Tünek Ahmet"
Çeviri:Rudyard Kipling'in eseri "Hortlak Rikşav" ile Washington Irving'in "Uykulu Kuytu Menkıbesi"
