Kahve, kafein ve diğer bileşenleri sayesinde sindirim sistemini uyararak bağırsak hareketlerini hızlandırabilir. Dr. Hussain Ahmad, "Kahve içmek, kafeinin kolon hareketlerini artırması ve atıkların hızla sistemden atılmasını sağladığı için tuvalet ihtiyacı oluşturur" diyor. Ayrıca, kafein mide asidi üretimini artırarak mide ekşimesi ve asit reflüsüne neden olabilir.
Kafeinsiz kahve içenler de benzer bir etkiyle karşılaşabilir çünkü kahve asit ve yağ içerir, bu da sindirim sistemini tetikleyebilir. Gastroenterolog Kenneth Brown, kafeinin kabızlık çekenler için doğal bir çözüm olabileceğini belirtirken, bazı kişilerde ise ishal gibi yan etkilere neden olabileceğini ekliyor.